Der Ort wurde vermutlich im 8. Jahrhundert durch Slawen gegründet. Das Wort „Schletten“ kommt aus dem Slawischen und bedeutet Moorgrund. Der Namensteil „Kirch“ wurde zur Unterscheidung zum nahegelegenen „Windischletten“ zugefügt und verweist auf die Pfarrkirche im Ort.
Kirchschletten lag im Einflussbereich der Fürstbischöfe von Bamberg. Im Spätmittelalter wurde neben der Pfarrkirche eine kleine Burg errichtet, von der heute jedoch nichts mehr zu sehen ist. 1805 kam der Ort als Folge der Säkularisation zu Bayern; 1972 wurde er vom Markt Zapfendorf eingemeindet. Derzeit hat Kirchschletten etwa 110 Einwohner, die in rund 25 Häusern wohnen. Die Straßen haben keine Namen, die Häuser sind durchnummeriert. Im Ortszentrum liegt die Pfarrkirche, die zusammen mit weiteren Gebäuden eine Art Insel bildet, um die herum eine kreisförmige eine Straße führt. Von dieser zweigen Verbindungsstraßen in die Nachbarorte ab.
